Музей аптечного отела существует на базе старейшей, но до сих пор действующей вологодской аптеки, открытой вслед за первыми двумя «зелейными лавками» в Москве. Здесь сохранились различные предметы аптекарского инвентаря того времени: склянки и пробирки (например, флакон, в котором в XVIII веке продавали йод), ветхие рецепты, написанные неразборчивым почерком (это остается неизменным), стерилизатор и даже старинная машина для изготовления пилюль.
При желании во время экскурсии можно продегустировать чай из местных целебных трав, а также почитать выдержки из прежнего аптекарского «устава».