По преданию, в том месте, где находится форт святого Иоанна (или форт Сен-Жан), в VI веке до нашей эры высадились фокейцы – основатели и первые жители тогдашней Массалии. Людовик XIV решил построить на этом месте форт. Проект был реализован шевалье де Клервилем в 1668–1671 году.Во время Великой французской революции после падения Робеспьера в форте были заключены якобинцы. Долгое время на территории цитадели размещался военный гарнизон. Немецкие оккупанты использовали форт в качестве склада для хранения боеприпасов, который в конце концов взорвали.В 1964 году, после передачи форта в ведение министерства культуры, его признали памятником истории Франции. В конце 70-х были восстановлены южные стены, разрушенные в результате взрыва в 1944 году.Сегодня на территории форта находится башня короля Рене, часовня святого Иоанна, руины старых казарм, мемориал в память о погибших в лагерях смерти, церковь святого Лаврентия, маяк.В 2013 году здесь откроется музей цивилизаций Европы и Средиземноморья.