Внизу, под церковью Капуцинов, находится императорский склеп. И если в церкви августинцев хранятся сердца членов императорской фамилии, то здесь покоятся их тела.Первое захоронение в склепе было совершено в 1633 году, когда здесь похоронили императрицу Анну. Она же была инициатором возведения этого храма. И потому, когда церковь была построена, останки императрицы, скончавшейся в 1618 году, были первыми перенесены сюда. Сейчас здесь можно найти гробницы 12 императоров, 17 императриц и свыше ста надгробий, под которыми покоятся члены бывшей австрийской правящей династии Габсбургов.Погребения в этом месте продолжаются и в наше время. В частности, летом 2011 года тут был похоронен бывший кронпринц и европейский политик Отто Габсбург.