Этот храм – один из самых старых на Кубани. Он был построен в XIX веке при императоре Николае I в честь покровителя города Святого Онуфрия. Верующие считают, что именно благодаря заступничеству святого турецкая армия капитулировала в войне 1828-1829 годов. В 30-е годы XX века церковь разорили и устроили в ее стенах краеведческий музей. Однако в годы Великой Отечественной войны во время оккупации немцы разрешили прихожанам возобновить здесь богослужения.
Из истории
Русско-турецкая война 1828-1829 годов была объявлена императором Николаем I после того как Османская империя в нарушение договоренностей закрыла пролив Босфор. По итогам войны Анапа отошла к России.Существует легенда, что когда в 1943 году освобождали город, некий старик по имени Онуфрий указал советским танкистам все огневые точки гитлеровцев.В 1964 году храм передали Дому пионеров, а на месте алтаря обустроили сцену. Вернули церкви здание лишь в 1991 году.