Незамысловатая с виду церковь Святого Фомы, строительство которой было начато в XII веке и завершилось лишь к XVI столетию, в 1524 году была передана протестантам. С тех пор храм носит звание главного лютеранского собора Страсбурга. Во времена Реформации и расцвета антикатолических движений Мартина Лютера здесь кипели нешуточные страсти.Кроме протестантской истории церковь Святого Фомы известна также старинным органом, сделанным в 1740 году известным органным мастером Зильберманом. Доподлинно известно, что именно на этом инструменте играл Моцарт, приезжавший в свое время в Страсбург. Кроме того, главная протестантская церковь Нижнего Рейна может похвастаться необычной коллекцией старинных надгробий. Под сводами собора нашли покой многие знаменитые полководцы и ученые мужи Франции.