Музей унаследовал коллекции бывшего музея каменных скульптур, основанного в 1783 году Академией Бордо для хранения остатков римских памятников, обнаруженных во время работ по благоустройству города в XVI–XVIII веках. С 1962 года он превратился в региональный музей истории, археологии и этнографии. Различные коллекции включают более 70 000 экспонатов, которые так или иначе создают представление о Бордо и Аквитании от предыстории до наших дней: артефакты доисторической эпохи, римские и палео-христианские древности города Бурдигалия, предметы эпохи средневековья и т.д. Особое внимание в экспозиции уделено Бордо как морскому порту.В 2009 году в музее открылись новые залы, посвященные работорговле. Тут представлены документы, повествующие об условиях жизни и социальных отношениях на плантациях: телесные наказания, детоубийство, организация работ, смертность, предоставление свободы, побеги и мятежи.