Монастырь был создан еще в 1616 году - по легенде, его основал инок Нифонт, который пришел сюда из Раифской пустыни.
Развитию монастыря способствовал митрополит Сибирский Филофей в XVIII веке, который мечтал превратить его в крупнейший в Сибири миссионерский центр. Обитель действительно считалась самой большой в регионе вплоть до начала прошлого века.
С приходом советской власти монастырь был закрыт и разграблен, а в 1940-х годах и вовсе превратился в военный гарнизон. Верующим обитель вернули в 1960-х годах. Сейчас монастырь состоит из Троицкого собора, а также церкви Петра и Павла.