Первый деревянный храм на месте Церкви Михаила Архангела появился в Ельце еще в XVII столетии. Он сильно обветшал – в XVIII веке на его месте возвели новый храм. Самой старой из построек церкви, которая дошла до наших дней, - колокольня 1788 года.
После революции храм был закрыт для богослужений. Здание превратилось в склад: в церкви хранилась бумаги, а в подвалах - провизия. С 1993-го года в храме вновь проводятся богослужения, хотя его внешний вид оставляет желать лучшего. Любопытно, что церкви Михаила Архангела в Ельце посвятил свои строки Иван Бунин:
«Я помню тебя, Михаил,
И храм этот, темный и старый.
Где ты мое сердце пленил...»