Община католиков существовала в Баку еще в конце XIX века, но Гражданскую войну костел Непорочного зачатия Пресвятой Девы Марии не пережил. Лишь в 2006 году в Баку была построена новая католическая церковь – с таким же названием, но на другом месте. За шесть лет до этого Святой Престол открыл в Азербайджане так называемую миссию sui iuris (в переводе с латыни «своего права») – эту организацию Ватикан обычно основывает на территории, где только начинает миссионерскую деятельность. А в 2002 году в Баку пожаловал Папа Римский Иоанн Павел II, который договорился с президентом Гейдаром Алиевым о выделении участка земли под возведение церкви.